Zengin bir flora ve faunaya varlığına sahip olan kanyon boyunca, Antik dönemden kalma su kanalları, kaya mezarları ve mağaralar gibi tarihi ve doğal yapılar bulunmaktadır. Hıristiyanlığın Montanizm tarikatının merkezi olan Pepouza Antik Kenti de Ulubey Kanyonu Milli Parkı’nın içerisinde kalmaktadır. Eskiden kanyonunun doğu kısmında bulunan kaynak suyunu Pepouza Antik Kentine getirmekte kullanılan Clandras Su Kemeri de kanyondaki önemli tarihi kalıntılardandır.